96. СУ „Л. Н. Толстой“ е създадено през 1982 година като училище с преподаване на руски език. През 1983 година училището се премества в своя сграда – една от трите в България с лъчисто отопление. През годините на своето съществуване то се утвърждава като едно от най-реномираните и търсени училища на територията на район Люлин.
96. СУ е наградено от СО през 2006г. за активно участие при реализиране на европейски образователни проекти за осъществяване на равен достъп до качествено образование и създаване на подкрепяща среда за интеграция на деца със специални образователни потребности в партньорство със Столична община.